Bước 1: Tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh thực phẩm nộp hồ sơ đăng ký bản công bố sản phẩm qua hệ thống dịch vụ công trực tuyến hoặc bưu điện hoặc nộp trực tiếp tại bộ phận tiếp nhận và trả kết quả thuộc Ban Quản lý An toàn thực phẩm vào tất cả các ngày làm việc từ thứ hai đến thứ sáu, trừ các ngày lễ theo quy định. Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả chuyển hồ sơ về phòng chuyên môn xử lý.
Trong trường hợp tổ chức, cá nhân sản xuất nhiều loại thực phẩm thuộc thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ đăng ký bản công bố sản phẩm của cả Bộ Y tế và cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh chỉ định thì tổ chức, cá nhân có quyền lựa chọn nộp hồ sơ đến Bộ Y tế hoặc sản phẩm thuộc thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ đăng ký của cơ quan nào thì nộp hồ sơ đăng ký đến cơ quan tiếp nhận đó.
Trong trường hợp tổ chức, cá nhân có từ 02 (hai) cơ sở sản xuất trở lên cùng sản xuất một sản phẩm thì tổ chức, cá nhân chỉ làm thủ tục đăng ký bản công bố sản phẩm tại một cơ quan quản lý nhà nước ở địa phương có cơ sở sản xuất do tổ chức, cá nhân lựa chọn (trừ những sản phẩm đăng ký tại Bộ Y tế). Khi đã lựa chọn cơ quan quản lý nhà nước để đăng ký thì các lần đăng ký tiếp theo phải đăng ký tại cơ quan đã lựa chọn.
Bước 2: Trong thời hạn 07 (bảy) ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ đăng ký, phòng chuyên môn có trách nhiệm thẩm định hồ sơ và trình Trưởng ban Ban Quản lý An toàn thực phẩm cấp Giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm theo Mẫu số 03 Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này. Thời gian thẩm định hồ sơ tính từ thời điểm hồ sơ được nộp trên hệ thống dịch vụ công trực tuyến hoặc theo dấu đến của Ban Quản lý An toàn thực phẩm (trong trường hợp nộp hồ sơ qua đường bưu điện hoặc nộp hồ sơ trực tiếp tại bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của Ban).
Bước 3: Trong trường hợp không đồng ý với hồ sơ công bố sản phẩm của tổ chức, cá nhân hoặc yêu cấu sửa đổi, bổ sung, Phòng chuyên môn trình Ban Quản lý An toàn thực phẩm văn bản nêu rõ lý do và căn cứ pháp lý của việc yêu cầu. Ban Quản lý An toàn thực phẩm chỉ được yêu cầu sửa đổi, bổ sung 01 lần
Trong thời hạn 07 ngày làm việc kể từ khi nhận hồ sơ sửa đổi, bổ sung, Phòng chuyên môn thẩm định hồ sơ và trình Trưởng ban Ban Quản lý An toàn thực phẩm có văn bản trả lời. Sau 90 ngày làm việc kể từ khi có văn bản yêu cầu sửa đổi, bổ sung nếu tổ chức, cá nhân không sửa đổi, bổ sung thì hồ sơ không còn giá trị.
Trường hợp sản phẩm có sự thay đổi về tên sản phẩm, xuất xứ, thành phần cấu tạo thì tổ chức, cá nhân phải công bố lại sản phẩm. Các trường hợp có sự thay đổi khác, tổ chức, cá nhân thông báo bằng văn bản về nội dung thay đổi đến Ban Quản lý An toàn thực phẩm và được sản xuất, kinh doanh sản phẩm ngay sau khi gửi thông báo
Phòng chuyên môn chuyển kết quả đến Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả để gửi trả Giấy tiếp nhận cho tổ chức, cá nhân
Ban Quản lý An toàn thực phẩm có trách nhiệm thông báo công khai tên, sản phẩm của tổ chức, cá nhân đã được tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm trên trang thông tin điện tử (website) và cơ sở dữ liệu về an toàn thực phẩm.