Bước 1: Tổ chức, cá nhân chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định của pháp luật.
Bước 2: Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả thủ tục hành chính Chi cục Nông nghiệp thành phố Đà Nẵng. 
Bước 3: Chi cục Nông nghiệptiếp nhận và kiểm tra tính đầy đủ và hợp lệ của hồ sơ theo quy định.
- Trường hợp hồ sơ đầy đủ, hợp lệ thì viết biên nhận, ghi rõ ngày hẹn trả kết quả cho người nộp.
- Trường hợp hồ sơ thiếu hoặc không hợp lệ thì công chức tiếp nhận hồ sơ hướng dẫn để người đến nộp hồ sơ bổ sung hoặc làm lại theo đúng quy định.
Bước 4: Quá trình xem xét, thẩm định hồ sơ
Chi cục Nông nghiệpxem xét, thẩm định, giải quyết cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật đối với các lô vật thể vận chuyển từ vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật.
- Trường hợp hồ sơ chưa đủ điều kiện theo quy định hay hồ sơ chưa đạt yêu cầu thì Chi cục phải có văn bản hướng dẫn đầy đủ hoặc trả lời cho người nộp biết để thực hiện.
- Trường hợp hồ sơ đạt yêu cầu: Chi cục ban hành Quyết định thành lập Đoàn kiểm tra lô vật thể được vận chuyển từ vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật và Thông báo bằng văn bản về thời gian, địa điểm kiểm tra cho tố chức/cá nhân biết. Đoàn kiểm tra có nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ và thẩm định đảm bảo lô vật thể đó không nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật của vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật; lập biên bản kiểm tra (có xác nhận của đơn vị) để làm căn cứ cho Chi cục xem xét, cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật đối với lô vật thể vận chuyển từ vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật theo quy định của pháp luật.
Bước 5: Nhận kết quả tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả thủ tục hành chính Chi cục Nông nghiệpthành phố Đà Nẵng theo thời gian đã ghi trên phiếu hẹn.