Bước 1: Doanh nghiệp khoa học và công nghệ nộp hồ sơ tại Sở Khoa học và Công nghệ (Sở KH&CN). Công chức được phân công tiếp nhận hồ sơ có nhiệm vụ tiếp nhận và kiểm tra sơ bộ hồ sơ:
a) Trường hợp hồ sơ chưa đúng, chưa đầy đủ theo quy định thì hướng dẫn (bằng Phiếu hướng dẫn) để doanh nghiệp bổ sung hoàn chỉnh.
b) Trường hợp thành phần hồ sơ đầy đủ thì viết Giấy biên nhận hồ sơ hẹn ngày trả kết quả.
Bước 2: Thẩm định điều kiện xét cấp lại, sửa đổi, bổ sung Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ:
a) Hồ sơ không hợp lệ: Trả lại hồ sơ cho doanh nghiệp và thông báo rõ lý do.
b) Hồ sơ hợp lệ: 
Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ, Sở Khoa học và Công nghệ xem xét việc cấp hoặc từ chối cấp thay đổi nội dung, cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.
Trường hợp bổ sung sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ, thời hạn cấp thay đổi nội dung Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ.
Bước 3: Sở KH&CN cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ cho doanh nghiệp theo một trong các hình thức sau tùy theo yêu cầu của doanh nghiệp:
- Trả kết quả trực tuyến thông qua Trang Thông tin điện tử của Sở KH&CN tại địa chỉ http://www.dost.danang.gov.vn hoặc Hệ thống thông tin Chính quyền điện tử tại địa chỉ http://www.egov.danang.gov.vn;
- Trao trực tiếp Giấy chứng nhận cho doanh nghiệp tại Quầy số 23,24 (Sở KH&CN) Bộ phận Tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả Trung tâm Hành chính thành phố Đà Nẵng, số 03 Lý Tự Trọng, P. Thạch Thang, Q. Hải Châu, TP. Đà Nẵng;
- Gửi Giấy chứng nhận cho doanh nghiệp qua Bưu điện (dịch vụ bưu chính công ích).