+ Trường hợp đăng ký trực tiếp:
Bước 1: Nộp hồ sơ
- Khi bị mất hoặc bị hư hỏng giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, hợp tác xã phải gửi hồ sơ đề nghị cấp lại giấy chứng nhận cho Bộ phận Một cửa thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện, nơi hợp tác xã đặt trụ sở chính.
- Người có thẩm quyền cần có bản sao hợp lệ một trong các giấy tờ chứng thực cá nhân (Thẻ căn cước công dân hoặc Chứng minh nhân dân hoặc Hộ chiếu Việt Nam còn hiệu lực đối với công dân Việt Nam; Hộ chiếu nước ngoài hoặc giấy tờ có giá trị thay thế hộ chiếu nước ngoài còn hiệu lực đối với người nước ngoài).
- Trường hợp được ủy quyền thì phải có thêm giấy tờ sau: (1) Bản sao hợp lệ một trong các giấy tờ chứng thực cá nhân (Thẻ căn cước công dân hoặc Chứng minh nhân dân hoặc Hộ chiếu Việt Nam còn hiệu lực đối với công dân Việt Nam; Hộ chiếu nước ngoài hoặc giấy tờ có giá trị thay thế hộ chiếu nước ngoài còn hiệu lực đối với người nước ngoài); (2) Bản sao hợp lệ hợp đồng cung cấp dịch vụ với tổ chức làm dịch vụ nộp hồ sơ, nhận kết quả và giấy giới thiệu của tổ chức đó cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả; hoặc Văn bản ủy quyền cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả theo quy định của pháp luật. Văn bản này không bắt buộc phải công chứng, chứng thực.
Bước 2: Tiếp nhận hồ sơ
- Hồ sơ đề nghị cấp lại giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh được tiếp nhận để nhập thông tin vào Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã khi:
+ Có đủ giấy tờ theo quy định;
+ Thông tin của hợp tác xã đã được kê khai đầy đủ vào các giấy tờ trong hồ sơ đăng ký hợp tác xã theo quy định;
+ Có địa chỉ liên lạc của người nộp hồ sơ;
+ Đã nộp lệ phí đăng ký kinh doanh theo quy định.
- Sau khi tiếp nhận hồ sơ đề nghị cấp lại giấy chứng nhận đăng ký  hợp tác xã, giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, Bộ phận Một cửa thuộc UBND cấp huyện trao Giấy biên nhận về việc nhận hồ sơ cho người nộp hồ sơ. Sau đó, trong cùng ngày, Bộ phận Một cửa chuyển hồ sơ cho phòng Tài chính – Kế hoạch thuộc UBND quận, huyện để xử lý
Bước 3: Xử lý hồ sơ
- Trường hợp hồ sơ đủ các điều kiện theo quy định, Phòng Tài chính – Kế hoạch cấp Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ và chuyển Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã cho Bộ phận Tiếp nhận và trả kết quả thuộc UBND quận, huyện.
- Trường hợp hồ sơ không đủ điều kiện cấp đăng ký theo quy định, Phòng Tài chính - Kế hoạch phải thông báo rõ nội dung cần sửa đổi, bổ sung bằng văn bản trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ và chuyển Thông báo cho Bộ phận Một cửa thuộc UBND quận, huyện.
- Sau 03 ngày làm việc kể từ ngày nộp hồ sơ, hợp tác xã đến tại Bộ phận Một cửa (trường hợp hồ sơ hợp lệ) để nhận Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã hoặc Thông báo sửa đổi, bổ sung hồ sơ (trường hợp hồ sơ không hợp lệ)
+ Trường hợp đăng ký qua mạng điện tử sử dụng chữ ký số công cộng (trong trường hợp được ứng dụng):
Bước 1: Nộp hồ sơ
- Người có thẩm quyền hoặc người đại diện theo ủy quyền kê khai thông tin, tải văn bản điện tử, ký số vào hồ sơ đăng ký điện tử theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.
- Trường hợp người được cá nhân có thẩm quyền ủy quyền thực hiện thủ tục cấp lại giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện của hợp tác xã thì người được ủy quyền kê khai thông tin, tải văn bản điện tử, ký số vào hồ sơ đăng ký điện tử theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.
Bước 2: Tiếp nhận hồ sơ
- Hồ sơ cấp lại giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh qua mạng điện tử hợp lệ khi đảm bảo đầy đủ các yêu cầu sau: (1) Có đầy đủ các giấy tờ và nội dung các giấy tờ đó được kê khai đầy đủ theo quy định như hồ sơ bằng bản giấy và được chuyển sang dạng văn bản điện tử. Tên văn bản điện tử phải được đặt tương ứng với tên loại giấy tờ trong hồ sơ bằng bản giấy; (2) Các thông tin được nhập đầy đủ và chính xác theo thông tin trong các văn bản điện tử; (3) Hồ sơ đề nghị cấp lại qua mạng điện tử phải được xác thực bằng chữ ký số công cộng của một trong các chủ thể sau đây: (3a) Cá nhân có thẩm quyền ký văn bản đề nghị cấp lại theo quy định; (3b) Người được cá nhân có thẩm quyền ký văn bản đề nghị cấp lại theo quy định ủy quyền thực hiện thủ tục liên quan đến cấp lại giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã. 
- Trường hợp được ủy quyền thì phải có giấy tờ sau: (1) bản sao hợp lệ một trong các giấy tờ chứng thực cá nhân (Thẻ căn cước công dân hoặc Chứng minh nhân dân hoặc Hộ chiếu Việt Nam còn hiệu lực đối với công dân Việt Nam; Hộ chiếu nước ngoài hoặc giấy tờ có giá trị thay thế hộ chiếu nước ngoài còn hiệu lực đối với người nước ngoài); (2) Bản sao hợp lệ hợp đồng cung cấp dịch vụ với tổ chức làm dịch vụ nộp hồ sơ, nhận kết quả và giấy giới thiệu của tổ chức đó cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả; hoặc Văn bản ủy quyền cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả theo quy định của pháp luật. Văn bản này không bắt buộc phải công chứng, chứng thực.
- Thời hạn để hợp tác xã sửa đổi, bổ sung hồ sơ đề nghị cấp lại qua mạng điện tử là 60 ngày kể từ ngày Phòng Tài chính - Kế hoạch ra Thông báo yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ. Sau thời hạn nêu trên, nếu không nhận được hồ sơ sửa đổi, bổ sung của hợp tác xã, Phòng Tài chính - Kế hoạch sẽ hủy hồ sơ cấp lại giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.
- Sau khi hoàn thành việc gửi hồ sơ đề nghị cấp lại giấy chứng nhận, cá nhân có thẩm quyền hoặc người được cá nhân có thẩm quyền ký ủy quyền sẽ nhận được giấy biên nhận hồ sơ đề nghị cấp lại qua mạng điện tử.
Bước 3: Xử lý hồ sơ
- Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, Phòng Tài chính - Kế hoạch gửi thông báo qua mạng điện tử cho cá nhân có thẩm quyền ký hoặc người được cá nhân có thẩm quyền ký ủy quyền để yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ.
- Phòng Tài chính - Kế hoạch cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã/Giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh/Giấy chứng nhận đăng ký văn phòng đại diện/Giấy chứng nhận đăng ký địa điểm kinh doanh trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ. Hợp tác xã phải nộp hồ sơ bằng văn bản khi nhận giấy chứng nhận đăng ký để đối chiếu và lưu hồ sơ.